Hồ Malawi nằm trong Thung lũng tách giãn Lớn ở độ cao 500 m (1.640 ft) so với mực nước biển và sâu 700 m (2.300 ft) so với bề mặt khiến nó trở thành một trong những hồ nước sâu nhất thế giới.[2] Vườn quốc gia hồ Malawi bao gồm khoảng 95 km2 (37 dặm vuông Anh) diện tích đất và mặt nước nằm ở cuối phía nam của hồ. Nó bao gồm hầu hết diện tích Bán đảo Nankumbu, một khu vực đất đai nằm ở phía bắc vườn quốc gia ăn sâu vào hồ với điểm xa nhất được biết đến là Cape Maclear, các khu vực mặt nước xung quanh cùng 9 đảo đá nằm gần bờ hồ. Bán đảo Nankumbu có độ cao từ bờ hồ cho đến 1.143 m (3.750 ft) tại đỉnh Nkhunguni ở phía tây và 963 m (3.160 ft) tại đỉnh Dzimwe ở phía đông. Những sườn dốc được bao phủ bởi khu rừng rậm rạp.[3] Có rất ít cư dân ở khu vực núi của bán đảo, nhưng có một số làng chài ở các khu vực gần bờ hồ, lớn nhất là làng Chembe gần Cape Maclear. Những ngôi làng này nằm trong ranh giới nhưng không phải là một phần của vườn quốc gia này.[3]